Hơn 35 năm đã qua kể từ ngày thành lập, Bộ phận thường trực phía Nam trực thuộc Ủy ban Khoa học kỹ thuật Nhà nước ngày ấy, Cục Công tác phía Nam, Bộ Khoa học và Công nghệ hôm nay đã trải qua quá trình xây dựng và trưởng thành cùng với tiến trình phát triển của ngành KH&CN Việt Nam.
Giai đoạn 1980 - 1993
Cục Công tác phía Nam tiền thân là Bộ phận thường trực phía Nam trực thuộc Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước, được thành lập theo Quyết định số 105-QĐ ngày 29/3/1980. Theo Quyết định số 82/QĐ ngày 19-01-1984, Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước ban hành điều lệ về tổ chức và hoạt động của Bộ phận thường trực của Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước tại phía Nam.
Giai đoạn 1993 - 2006
Ngày 15/5/1993 Bộ trưởng Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường đã ban hành Quyết định số 233/QĐ-TCCB sát nhập Văn phòng thường trực phía Nam vào Văn phòng Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường và đổi tên thành "Văn phòng Thường trực phía Nam".
Giai đoạn 2006 – 2013
Ngày 14/2/2006 Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ ban hành Quyết định số 189/QĐ-BKHCN thành lập Cơ quan Đại diện phía Nam, trên cơ sở nâng cấp Văn phòng thường trực phía Nam thuộc Văn phòng Bộ KH&CN thành đơn vị độc lập thuộc Bộ KH&CN.
Ngày 08/4/2008 Bộ trưởng Bộ KH&CN ban hành Quyết định số 628/QĐ-BKHCN đổi tên Cơ quan Đại diện phía Nam thành “Cơ quan Đại diện Bộ KH&CN tại TP. Hồ Chí Minh”.
Giai đoạn 2013 - 2018
Ngày 22/4/2013 Bộ trưởng Bộ KH&CN ban hành Quyết định số 874/QĐ-BKHCN thành lập Cục Công tác phía Nam, Bộ Khoa học và Công nghệ trên cơ sở tổ chức lại Cơ quan đại diện của Bộ tại TP. Hồ Chí Minh và ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Cục Công tác phía Nam. Trong đó qui định về chức năng, nhiệm vụ của Cục Công tác phía Nam, là đơn vị trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý về khoa học và công nghệ; theo dõi, tổng hợp tình hình hoạt động trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Bộ; bảo đảm các điều kiện cần thiết để phục vụ các hoạt động của Bộ tại các tỉnh, thành phố khu vực phía Nam.
Giai đoạn 2018 đến 2024
Ngày 07/9/2018, Bộ trưởng Bộ KH&CN ban hành Quyết định số 2596/QĐ-BKHCN về điều lệ tổ chức và hoạt động của Cục Công tác phía Nam, là tổ chức trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, có chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước về khoa học và công nghệ; tổ chức triển khai các cơ chế, chính sách liên quan đến hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo theo phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng; thực hiện công tác hành chính, quản trị phục vụ các hoạt động của Bộ tại các tỉnh, thành phố khu vực phía Nam.
Giai đoạn 2024 đến nay
Ngày 01/3/2024 Bộ trưởng Bộ KH&CN ban hành Quyết định số 289/QĐ-BKHCN thành lập Văn phòng phía Nam trên cơ sở tổ chức lại Cục Công tác phía Nam, là tổ chức hành chính trực thuộc Văn phòng Bộ, có chức năng tham mưu tổng hợp về chương trình, kế hoạch, nhiệm vụ công tác, bảo đảm điều kiện, phương tiện làm việc phục vụ công tác của Lãnh đạo Bộ và các đoàn công tác của Bộ; triển khai thực hiện các quy định liên quan đến hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; thực hiện công tác hành chính nội bộ tại khu vực phía Nam theo phân cấp và quy định của pháp luật.
Văn phòng phía Nam có trụ sở chính đặt tại số 31 Hàn Thuyên, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh.
